La insuficiencia pancreática exocrina (IPE) es un síndrome de mala absorción que resulta de la secreción insuficiente de enzimas digestivas pancreáticas. La IPE se trata con terapia de reemplazo de enzimas pancreáticas (TREP), pero la persistencia de signos clínicos, especialmente la diarrea, es común después del tratamiento. Utilizamos metabolómica no dirigida del suero para identificar alteraciones metabólicas asociadas con la IPE y generar nuevas hipótesis relacionadas con su fisiopatología. Se recolectaron muestras de suero en ayuno de perros con IPE (n = 20) y controles sanos (n = 10), todos recibiendo TREP. Se generaron metabolomas de suero utilizando UPLC-MS/MS, y se compararon las diferencias en las abundancias relativas de metabolitos entre los grupos. De los 759 metabolitos séricos detectados, 114 variaron significativamente (p < 0.05, q < 0.2) entre los perros con IPE y los controles sanos. Las diferencias en aminoácidos (arginato, homoarginina, 2-oxoarginina, N-acetil-cadaverina y alfa-cetoglutarato) y lípidos (ácidos grasos libres y carnitina docosahexaenoílica) fueron consistentes con un aumento de la proteólisis y lipólisis, indicando un estado catabólico persistente en perros con IPE. Las abundancias relativas de metabolitos microbianos intestinales (fenil-lactato, 4-hidroxifenilacetato, aminoácidos fenilacetilados, sulfatos de catecol y sulfato de o-cresol) se alteraron en perros con IPE, consistente con alteraciones en las comunidades microbianas intestinales. El aumento de la quinurenina es consistente con la presencia de inflamación intestinal en perros con IPE. Si estas alteraciones metabólicas participan en la fisiopatología de la IPE o contribuyen a la persistencia de signos clínicos después del tratamiento es desconocido, pero son objetivos para futuras investigaciones.