Antecedentes: Las plantas de la familia Asteraceae se utilizaron comúnmente para tratar diversas enfermedades. El perfil metabolómico de esta familia consistía en flavonoides bioactivos y otros fenólicos. La manzanilla es un miembro de la familia Asteraceae. Se estudiaron dos variedades de manzanilla (manzanilla alemana), la jordana y la europea, que se cultivaron en diferentes condiciones ambientales. En la literatura se han descrito muchos ejemplos de variedades de plantas con distinciones significativas en el metabolito secundario que producen. Se empleó un análisis estadístico multivariante para medir la profundidad de esta variación en las dos variedades de manzanilla. Métodos: Se prepararon extractos crudos de ambos tipos utilizando disolventes de diferentes polaridades y se probaron por su actividad biológica. La fracción semipolar de la variedad europea mostró actividad anticancerígena y antioxidante. Mientras tanto, la fracción semipolar del tipo jordano exhibió solo actividad antioxidante. Ambos extractos fueron fraccionados y luego se volvió a evaluar la actividad biológica. Resultados: Las fracciones de manzanilla europea y jordana produjeron isómeros de ácido dicaffeoilquínico que exhiben capacidad antioxidante. Además, se produjo ácido glucoferúlico a partir de la manzanilla europea, demostrando actividad antioxidante. Las muestras europeas proporcionaron dos compuestos principales, crisosplenetina y apigenina, que mostraron actividad anticancerígena. Conclusiones: Las diferentes condiciones ambientales entre la manzanilla jordana y la europea afectaron el tipo de compuestos aislados. La elucidación de la estructura se realizó con HPLC-MS acoplado a técnicas de dereplicación y experimentos de RMN 2D.