Este estudio investiga cómo un sistema de incentivos basado en KPI puede mejorar la alineación del comportamiento y el rendimiento operativo en entornos portuarios complejos, abordando la creciente necesidad de una gobernanza basada en datos en las operaciones logísticas públicas. La investigación analiza un conjunto de datos de dos años de 145 equipos de navegación en 22 puertos brasileños, empleando un enfoque multivariante que integra análisis de clúster, pruebas de rango con signo de Wilcoxon y análisis factorial exploratorio (AFE). Los resultados revelan niveles de rendimiento distintos, con puertos de alto rendimiento mostrando una mejora constante en seguridad, cumplimiento y disponibilidad técnica, mientras que las áreas de bajo rendimiento exhiben estancamiento o declive. La estabilidad de la estructura de tres factores - Seguridad Operacional, Disponibilidad Técnica y Cumplimiento Procedimental - a lo largo del tiempo confirma la solidez del modelo y sugiere una creciente internalización de las expectativas de rendimiento por parte de los equipos. Estos hallazgos demuestran que los sistemas de incentivos, cuando se combinan con retroalimentación transparente y reconocimiento, pueden alinear los comportamientos del equipo con los objetivos organizacionales y fomentar una mejora operativa sostenida. El estudio contribuye con un marco validado y replicable para la gestión del rendimiento, ofreciendo orientación práctica para mejorar la gobernanza y la alineación estratégica en entornos complejos y de alto riesgo. Futuros estudios deberían explorar factores motivacionales y la aplicabilidad del modelo en el sector público.