Jatropha (L.) ha sido identificada como una posible fuente de biomasa en regiones áridas, pero el conocimiento de la diversidad de sus características químicas es limitado. En este estudio, se analizaron 61 accesiones de Jatropha que crecen en Botswana, donde frecuentemente ocurren sequías severas y heladas invernales, por sus propiedades químicas de semillas. Los análisis de histogramas y las comparaciones de metaanálisis con semillas de otros países/continentes mostraron que el peso medio/promedio de semillas secas, los compuestos tóxicos ésteres de forbol y los niveles de ácido graso C18:0 en las accesiones de Botswana eran más bajos que los de otros países/continentes. Un análisis de mapa de calor agrupado indicó cinco clados para las accesiones de Botswana, y sus rasgos fisicoquímicos también se categorizaron en cinco grupos. Se observaron muchas correlaciones positivas y negativas entre los rasgos químicos, incluidas correlaciones negativas entre el contenido de C18:3 (ácido linolénico) y los rasgos relacionados con el rendimiento (contenido de lípidos y peso de semilla seca). El análisis de componentes principales destacó la existencia de accesiones con composiciones químicas de semillas altamente desviadas, como aquellas enriquecidas en ácidos grasos C18:0/C18:1 y C16:0/C16:1/C18:3. En general, el presente estudio sugiere una considerable diversidad en las composiciones químicas de semillas de las accesiones de Jatropha de Botswana. Varias accesiones podrían ser útiles como materia prima para productos industriales específicos, así como para materiales de cría para la fortificación de ingredientes químicos específicos.