Las variaciones en el color de los pétalos son cruciales para el valor ornamental, pero los loci controlados para la cría aún deben ser desentrañados. Aquí, informamos sobre un locus candidato, habiendo realizado un análisis de segregación agrupada en una población segregante con diferentes colores de pétalos. Nuestros resultados mostraron que el locus cubre 9.46 Mb del genoma, albergando 951 genes. Se observaron BnaC03.MYB4, BnaC03.MYB85, BnaC03.MYB73, BnaC03.MYB98 y BnaC03.MYB102, que pertenecen a las familias de TFs MYB que podrían regular el color de los pétalos. A continuación, se realizó una secuenciación de ARN agrupada de pétalos blancos y amarillo-naranja en tres etapas de desarrollo para identificar más a fondo los posibles genes reguladores. Los resultados revelaron un total de 51 genes al superponer los datos del transcriptoma y los datos del análisis de segregación agrupada, y se encontró que la expresión de fue significativamente regulada al alza en los pétalos blancos en las tres etapas de desarrollo. Luego, se identificaron varios genes candidatos novedosos como, , , , , , , y putativos para controlar el color de los pétalos a través de un análisis más profundo. Además, hemos desarrollado dos marcadores moleculares para el gen funcional reportado para discriminar los colores de pétalos blanco y amarillo-naranja. Nuestros resultados proporcionaron un nuevo locus para la cría de colza con pétalos de múltiples colores.