Se ha informado que los entornos hipóxicos eran más adecuados para el desarrollo in vitro de embriones de mamíferos, pero los mecanismos subyacentes aún no estaban claros. En el presente estudio, se realizó un análisis de RNA-seq para comparar embriones de cabra en etapa de 8 células y en etapa de blastocisto bajo condiciones hipóxicas y normóxicas; los cigotos se revisaron a las 72 y 168 horas hasta la etapa de 8 células (L8C) y la etapa de blastocisto (LM) en condiciones hipóxicas y la etapa de 8 células (H8C) y la etapa de blastocisto (HM) en condiciones normóxicas. En los grupos H8C y L8C, se identificaron 399 genes expresados diferencialmente (DEGs), incluidos 348 DEGs sobreexpresados y 51 DEGs subexpresados. En los grupos HM y LM, se identificaron 1710 DEGs, incluidos 1516 DEGs sobreexpresados y 194 DEGs subexpresados. Los niveles de expresión de genes cigóticos, factores de transcripción y genes maternos mostraron cambios significativos. El análisis de enriquecimiento funcional indicó que estos DEGs estaban principalmente relacionados con procesos biológicos y regulación de funciones. Además, combinado con la red de interacción gen-vía y la red de interacción proteína-proteína, se identificaron veintidós de los genes clave, que están principalmente involucrados en el metabolismo energético, la respuesta al estrés inmunológico, el ciclo celular, la unión a receptores y las vías de transducción de señales. El presente estudio proporciona una visión integral sobre los efectos del estrés oxidativo en el desarrollo temprano del embrión en cabras.