La granada está ganando popularidad debido a sus probadas propiedades nutracéuticas y es altamente adaptable a diferentes climas. En el sur de Jalisco, México, se caracterizaron 18 genotipos en base a características de la fruta (21 rasgos) y marcadores AFLP (Polimorfismo de longitud de fragmento amplificado). Los tres primeros componentes de un análisis de componentes principales (PCA) explicaron el 71.5% de la variación. Las variables más importantes estaban relacionadas con el tamaño y peso de la fruta. El peso de la fruta, el diámetro ecuatorial, el diámetro polar, y el peso de la cáscara y la membrana fueron las variables que más contribuyeron al primer componente principal (PC1) 46.4%. Las variables jugo por fruta, proporción comestible, proporción de cáscara y membrana, y longitud de la semilla contribuyeron más al segundo componente principal (PC2) 15.2%, mientras que el pH del jugo, peso de una semilla, y ancho del arilo contribuyeron más al tercer componente principal (PC3) 9.9%. Con las seis combinaciones de cebadores AFLP, se obtuvieron 315 fragmentos (un promedio de 52.5 fragmentos por cebador); de estos, 229 fueron polimórficos (72.7% de polimorfismo). La agrupación por rasgos morfológicos y marcadores AFLP separó a todos los individuos evaluados de modo que no hubo genotipos repetidos. En ambos análisis, la agrupación no obedeció al origen geográfico de los genotipos (r = -0.35), lo que sugiere que ambas técnicas fueron útiles y complementarias en la caracterización de los genotipos de granada. Las variedades comerciales Wonderful y Apaseo tuvieron bajos niveles de similitud con los genotipos del sur de Jalisco. El nivel de polimorfismo encontrado y comparado con los resultados obtenidos por otros autores sugiere que los genotipos de granada evaluados son altamente polimórficos. Encontramos una amplia diversidad genética que puede ser utilizada en programas de mejoramiento.