Aunque la sepsis hemorrágica causada por infección es la enfermedad dominante en la acuicultura de la tortuga de caparazón blando china, la información sobre su patología molecular es seriamente limitada. En este estudio, noventa tortugas inyectadas intraperitonealmente exhibieron dos fenotipos diferentes basados en los síntomas patológicos, denominados tortugas activas e inactivas. Se analizaron los transcriptomas comparativos de hígado y bazo de estos dos grupos a las 6, 24 y 72 horas post-inyección (hpi). Los resultados mostraron que la interacción citoquina-receptor de citoquina, la vía de señalización mediada por PRRs, la apoptosis y la fagocitosis enriquecidas en tortugas activas e inactivas eran significativamente diferentes. Las citoquinas proinflamatorias, la vía de señalización TLR, la vía de señalización NLR y la vía de señalización RLR que median la expresión de citoquinas, así como los genes relacionados con la apoptosis, estaban significativamente regulados al alza en tortugas inactivas en la etapa temprana (6 hpi). La regulación al alza significativa de los genes relacionados con la fagocitosis ocurrió a las 24 hpi en tortugas inactivas y se retrasó relativamente en comparación con las tortugas activas. La citoquina antiinflamatoria, IL10, se reguló significativamente al alza durante los períodos de prueba (6, 24 y 72 hpi) en tortugas activas. Estos hallazgos ofrecen información valiosa para la comprensión de la inmunopatogénesis molecular después de la infección y facilitan investigaciones adicionales sobre estrategias contra la sepsis hemorrágica en la tortuga de caparazón blando china.