L. es un arbusto nativo de China. Produce bayas que tienen un alto valor nutracéutico. Su atractivo comercial ha llevado al desarrollo de nuevas plantaciones en Italia en las últimas décadas. La mayoría de las plantas de goji cultivadas provienen de plántulas de viveros locales sin la selección de variedades o clones. Este estudio utilizó nueve repeticiones de secuencia simple (SSR) de L. para analizar la estructura genética y la variabilidad de accesiones heterogéneas derivadas de semillas cultivadas en un huerto ubicado en el centro de Italia (de aquí en adelante referido como campo). Los resultados se compararon con accesiones de origen conocido. El estudio tenía como objetivo determinar el origen genético de las plántulas y evaluar la viabilidad de utilizar marcadores de microsatélites para la identificación individual. También tenía como objetivo propagar las plantas más adaptadas y productivas, asegurando la trazabilidad y protección de posibles clones a lo largo de la cadena de producción. Los marcadores SSR utilizados revelaron que las accesiones del campo eran genéticamente distintas de las accesiones, cuyas semillas provenían de diferentes Jardines Botánicos Europeos. La heterocigosidad observada media (H) entre los tres grupos fue de 0.356, superior a la heterocigosidad esperada media (H) de 0.314. Los valores del coeficiente de endogamia (F) variaron de -0.25 (campo) a 0.05 (LC), confirmando la alta variabilidad genética en nuestro conjunto de datos. El índice de fijación (F) fue de 0.234, indicando una diferenciación genética media a alta. El análisis bayesiano reveló tres clústeres distintos, indicando que tres grupos génicos influyeron en la estructura genética de las poblaciones estudiadas. Las accesiones del huerto forman una población distinta, probablemente una variedad local, descendiente de dos poblaciones ancestrales distintas que difieren de las dos especies conocidas. Nuestros hallazgos sientan preliminarmente las bases para la protección de algunas líneas clonales de accesiones de goji para su uso en futuras plantaciones más adecuadas al clima mediterráneo. Este estudio también sirve como base para una caracterización más exhaustiva de los cultivos, permitiendo la trazabilidad y la gestión sostenible del recurso genético.