La chalkiness gris superior de las semillas de arroz híbrido (L.) es un fenómeno típico en las semillas de arroz híbrido. La parte chalky del grano está infectada y es el inóculo para infectar las semillas normales durante el almacenamiento y la remojo. Estos microorganismos asociados a las semillas fueron cultivados y secuenciados utilizando secuenciación metagenómica de disparo para obtener información más completa sobre los microorganismos asociados a las semillas en este experimento. Los resultados mostraron que los hongos podían crecer bien en el medio de harina de arroz, similar a los ingredientes de los endospermos de las semillas de arroz. Después del ensamblaje de los datos metagenómicos, se estableció un catálogo de genes, que comprende 250,918 genes. El análisis de funciones mostró que las glicosidasas eran las enzimas dominantes, y el género representaba los microorganismos dominantes. Las especies de hongos, , y probablemente sean los patógenos candidatos en los granos chalky gris superior de las semillas de arroz híbrido. Estos resultados proporcionarán una referencia para mejorar el procesamiento del arroz híbrido después de la cosecha.