Los cerdos son una piedra angular vital en el ámbito de la alimentación humana, y la compleja composición de su microbiota intestinal ejerce una influencia decisiva sobre sus vías nutricionales y metabólicas. Empleamos evaluaciones multi-ómicas para identificar evidencia microbiana asociada con el rendimiento de crecimiento diferencial y metabolitos, ofreciendo así un apoyo teórico para la implementación de prácticas agrícolas eficientes para los cerdos tibetanos y estableciendo una base sólida para mejorar el crecimiento y la salud de los cerdos. En este trabajo, se utilizaron seis cerdos Duroc x landrace x yorkshire (DLY) y seis cerdos tibetanos para el experimento. Tras la eutanasia humanitaria, se llevó a cabo un análisis exhaustivo para detectar la presencia de ácidos grasos de cadena corta (AGCC), poblaciones microbianas y metabolitos en el entorno colónico. Además, también se evaluaron los metabolitos presentes en el plasma. Los resultados de nuestro análisis revelaron las variables clave que afectan los cambios microbianos que causan las diferencias observadas en el rendimiento de producción entre estas dos razas de cerdos distintas. Específicamente, se observaron discrepancias notables en las composiciones microbianas de los cerdos DLY, caracterizadas por niveles marcadamente más altos de ( < 0.05). Estas disparidades, a su vez, resultaron en variaciones significativas en las concentraciones de ácido acético, ácido propiónico y los AGCC acumulativos ( < 0.05). En consecuencia, los cerdos DLY mostraron un rendimiento de crecimiento mejorado y un bienestar general, lo que podría atribuirse a los perfiles de metabolitos distintos que poseían. Por el contrario, los cerdos tibetanos exhibieron una abundancia relativa significativamente elevada de , lo que llevó a un aumento pronunciado en la concentración de L-cisteína. Este aumento en el contenido de L-cisteína tuvo efectos en cascada, manifestándose además en niveles más altos de taurina en el colon y el plasma. Es notable que la taurina tiene el potencial de ejercer impactos multifacéticos que abarcan la dinámica de la microbiota, el metabolismo de proteínas y lípidos, así como el metabolismo de ácidos biliares, todos los cuales benefician colectivamente a los cerdos. A la luz de esto, los cerdos tibetanos mostraron capacidades mejoradas en el metabolismo de ácidos biliares. En resumen, nuestros hallazgos sugieren que los cerdos DLY sobresalen en su competencia en el metabolismo de ácidos grasos de cadena corta, mientras que los cerdos tibetanos exhiben una competencia más pronunciada en el ámbito del metabolismo de ácidos biliares. Estas ideas subrayan el potencial de futuros estudios para aprovechar estas diferencias específicas de raza, contribuyendo así a la mejora del rendimiento de producción dentro de estas dos razas de cerdos distintas.