Los cerdos Luchuan (LC) son una raza china reconocida por su distintivo color negro y blanco, su calidad de carne superior y su rápida reproducción, pero su tasa de crecimiento es lenta. A lo largo de aproximadamente dos décadas de cría controlada, los cerdos LC mantenidos en la Academia de Ciencias Agrícolas de Shanghái (Shanghái, China) se han divergido en dos fenotipos: uno caracterizado por la obesidad (FLC) y el otro por la delgadez (LLC). Estudios recientes indican una correlación entre microorganismos y la diferenciación de fenotipos del huésped. En este estudio, examinamos los perfiles de microbiota fecal y los metabolitos séricos de los cerdos FLC y LLC. El peso corporal, la circunferencia del pecho y las actividades enzimáticas de alanina aminotransferasa y aspartato aminotransferasa aumentaron en los cerdos FLC en comparación con los cerdos LLC. Por el contrario, los niveles de los géneros fueron más bajos en los cerdos FLC, mientras que el número de miembros de los grupos _RC9_gut_group, , y fue mayor. Un total de 52 metabolitos se alteraron entre los dos grupos, muchos de los cuales desempeñan roles cruciales en la señalización de prolactina, la meiosis de ovocitos y las vías de reabsorción de sodio reguladas por aldosterona. Los análisis de correlación demostraron una asociación significativa entre la microbiota modificada y los metabolitos y las variaciones fenotípicas observadas en los cerdos LC. Específicamente, se correlacionó positivamente con el peso corporal y la circunferencia del pecho, pero se correlacionó negativamente con metabolitos como el 2-mercaptobenzotiazol y el N1-pirazín-2-il-4-clorobenzamida, que estaban asociados positivamente con . Estos resultados proporcionan evidencia convincente de una relación novedosa entre el microbioma intestinal y el metaboloma en la diferenciación fenotípica de los cerdos LC.