Liberibacter asiaticus (CLas) está asociado con el Huanglongbing (HLB) de los cítricos, una enfermedad devastadora en los EE. UU. Anteriormente, realizamos una encuesta mensual de HLB durante dos años mediante PCR cuantitativa en tiempo real utilizando fracciones de ADN de raíces preparadas de 112 árboles de pomelo en campo injertados sobre portainjertos de naranja amarga. Aproximadamente el 10% de los árboles permanecieron libres de CLas durante todo el período de la encuesta. Este estudio realizó metagenómica 16S utilizando las fracciones de ADN de raíces en series temporales, preparadas mensualmente durante veinticuatro meses consecutivos, seguido de un análisis de red de coocurrencia microbiana para investigar los factores microbianos que contribuyen al fenotipo libre de CLas de los árboles mencionados. Basado en el estado de HLB y el momento en que los árboles fueron diagnosticados por primera vez como positivos a CLas durante la encuesta, las muestras se dividieron en cuatro grupos: Etapa H (saludable), Etapa I (temprana), II (media) y III (tardía). Los datos de metagenómica 16S utilizando la base de datos Silva 16S v132 revelaron que el HLB comprometió la diversidad de la microbiota del rizosfera. A nivel de filo, Actinobacteria y Proteobacteria fueron los filos bacterianos predominantes, que comprenden más del 93% de los filos bacterianos totales, independientemente del estado de HLB. Además, se observó un cambio temporal en la población de microbios del rizosfera durante una encuesta de dos años, a partir de la cual confirmamos que algunas familias bacterianas respondieron de manera diferente al estado de la enfermedad HLB. La agrupación de los datos de la red de coocurrencia bacteriana reveló la presencia de una subred compuesta por familias bacterianas con actividad promovedora del crecimiento de plantas en las muestras de las Etapas H y III. Estos datos implican que la subred puede actuar como una unidad funcional contra el HLB.