La Nili Ravi, una raza de búfalos de Pakistán, contribuye significativamente a la industria láctea. La mastitis es uno de los principales desafíos que afectan la producción de leche en esta raza. El objetivo del estudio actual fue identificar las comunidades bacterianas y la diversidad en la leche sana y mastítica de esta raza. Se recolectaron muestras de leche ( = 14) de búfalos Nili Ravi con diferentes estados de salud de la ubre, es decir, sanos (5), mastitis subclínica (4) y mastitis clínica (5). Se extrajeron los ADN, se sometieron a amplificación parcial de 16S rDNA (regiones V3 y V4) y se secuenciaron utilizando la plataforma Illumina. Los resultados revelaron variaciones en las comunidades bacterianas en la leche de animales con diferentes estados de salud de la ubre. Proteobacteria fue el filo predominante en el grupo sano, mientras que la leche de mastitis clínica y subclínica tenía una mayor abundancia de Firmicutes. Los géneros bacterianos dominantes en el grupo sano fueron (11.60%), (7.65%) y (4.70%), mientras que el grupo de mastitis clínica estuvo dominado por (33.96%), (7.87%) y (2.68%), y el grupo de mastitis subclínica estuvo dominado por (15.70%), (6.70%) y (6.58%). La asignación de unidades taxonómicas operativas a nivel de especie resultó en que la mayoría de las especies fueron asignadas a bacterias no cultivadas o desconocidas o permanecieron no asignadas. Los índices de diversidad alfa indicaron una menor diversidad microbiana en el grupo de mastitis clínica, mientras que los índices de diversidad beta mostraron un patrón disperso de agrupamiento de muestras en gráficos PCA entre diferentes grupos. Se concluye que la diversidad bacteriana en la leche de los búfalos Nili Ravi que sufren de mastitis clínica es menor en comparación con los casos sanos y de mastitis subclínica. Se concluye que las variaciones en la microbiota de la leche sana y mastítica pueden ser investigadas y explotadas como microbios distintivos asociados con el estado de salud de la ubre de los búfalos Nili Ravi.