Los comensales bacterianos intestinales de los Lepidópteros son altamente diversos y complejos, y contienen tanto endosimbiontes como bacterias transitorias asociadas a la dieta. La composición del microbioma está influenciada por (pero no se limita a) la dieta, el medio ambiente, la filogenia del hospedador y la ontogenia. Algunas especies de bacterias intestinales modulan diversas actividades fisiológicas, como la nutrición del hospedador, la desintoxicación y la defensa inmune. Además, tienen un impacto en la interacción insecto-planta al manipular la preferencia del hospedador vegetal, superar limitaciones alimentarias y, posiblemente, inducir disbiosis. Además, estas microbiotas emiten compuestos orgánicos volátiles, que pueden atraer o repeler enemigos naturales del insecto hospedador. Por ejemplo, el microbiota intestinal es crucial para su capacidad de adaptarse a diversas plantas hospedadoras y diferentes entornos. Esta es una ruta prometedora para el descubrimiento de nuevas estrategias de biocontrol. Esta revisión destaca el microbiota intestinal como uno de los objetivos más prometedores en el desarrollo de nuevas estrategias para el control de plagas, como la interferencia de ARN mediada por simbiontes y la paratransgénesis. Sin embargo, quedan obstáculos significativos para descifrar los mecanismos fundamentales de la interacción insecto-microbio-planta y en la traducción práctica de los hallazgos de laboratorio al campo.