Este estudio tuvo como objetivo evaluar el rendimiento productivo y la variación de la microbiota en el yeyuno y el ciego de dos razas de conejos con diferentes tasas de crecimiento. Este estudio se llevó a cabo en conejos de la raza nativa de Egipto Medio (NMER) y de Flandes gigante (GF) desde las 5 hasta las 12 semanas de edad. Se sacrificaron veinte conejos machos de NMER (NM) y GF, y se recolectaron los tramos del yeyuno y el ciego para analizar la composición de la microbiota intestinal mediante secuenciación del gen del ARN ribosómico 16S (rRNA) y examen histológico. A las 12 semanas de edad, el aumento de peso diario, la altura de las vellosidades en el yeyuno, la proteína total y la albúmina fueron mayores en los conejos GF que en los conejos NMER. Además, las vellosidades yeyunales de GF estaban bien organizadas en sus bordes densos. La microbiota entre el yeyuno y el ciego fue significativamente diferente en términos de beta-diversidad. Se encontró una correlación significativa entre las muestras de yeyuno NM y las muestras de ciego GF con el peso corporal y el aumento de peso ( < 0.05). Además, Escherichia-Shigella en el ciego de NM se correlacionó significativamente con el aumento de peso ( < 0.05). Los géneros más abundantes identificados en los contenidos yeyunales y cecales de GF eran generalmente microbiota beneficiosa. También pueden desempeñar un papel en la reducción de los efectos patogénicos en estos conejos.