Uno de los desafíos más significativos para detectar vida microbiana en manantiales termales mediante técnicas convencionales como el cultivo son las condiciones fisicoquímicas (temperatura, contenido de metales pesados, pH, etc.) de estos lugares. Los datos de varios estudios sugieren que las tecnologías de secuenciación de ADN de alto rendimiento pueden utilizarse para realizar análisis del microbioma más precisos y detallados. El objetivo principal de este trabajo fue determinar el microbioma en la fuente termal mediante metabarcoding de ADN ambiental aislado de cuatro fuentes diferentes y revelar la reflexión de las diferencias causadas por la temperatura y el contenido químico en el microbioma. Se extrajo ADN del agua filtrada con filtros cerrados y utilizando la plataforma de secuenciación de alto rendimiento Illumina, se secuenciaron las regiones V3 y V4 del gen 16S rRNA. Los resultados mostraron una correlación entre las condiciones fisicoquímicas y la composición de microorganismos de cuatro manantiales termales diferentes. Los manantiales con temperaturas extremadamente altas (89-90 grados C) estaban dominados por hipertermófilos, mientras que un manantial con una temperatura alta (52 grados C) estaba dominado por termófilos, y un manantial con una temperatura baja (26 grados C) y alta salinidad estaba dominado por halófilos y oxidantes de azufre. Con esta investigación, observamos muchos pasos manipulables de acuerdo con el trabajo de interés. Este estudio buscó obtener datos que ayudarán a decidir la región genética adecuada y elegir el pipeline bioinformático óptimo.