El N6-metiladenosina (mA) participa ampliamente en varios procesos vitales de los animales, incluyendo enfermedades, memoria, crecimiento y desarrollo, etc. Sin embargo, no hay informes sobre la regulación de la deposición de grasa intramuscular por mA en conejos. En este estudio, se detectó la modificación de mA en los músculos y tejidos adiposos de conejos Hycole mediante MeRIP-Seq. En este caso, se encontraron 3 metilasas y 12 genes modificados por mA que mostraron diferencias significativas entre los tejidos musculares y adiposos. Al mismo tiempo, encontramos que 3 metilasas pueden regular la expresión de 12 genes de diferentes maneras y la función de 12 genes está relacionada con la deposición de grasa según estudios existentes. 12 genes fueron modificados por la metilasa mA en los músculos y tejidos adiposos de conejos. Estos resultados sugieren que 3 metilasas pueden regular la expresión de 12 genes a través de diferentes vías. Además, el análisis de resultados mostró que 6 de los 12 genes regulaban ocho vías de señalización, que regulaban la deposición de grasa intramuscular. Se utilizó RT-qPCR para validar los resultados de secuenciación y se encontró que los resultados de expresión de RT-qPCR y los resultados de secuenciación son consistentes. En resumen, y reguló la grasa intramuscular a través de vías de señalización/gene modificadas por mA. Nuestro trabajo proporcionó una nueva base molecular y una nueva forma de producir carne de conejo con buen sabor.