La invasión biológica es un motor directo principal de la pérdida de biodiversidad. Recientemente, debido a la competencia por explotación con un mejillón invasor, (Hanley, 1843), ha habido una drástica disminución en la población de nativos (Linnaeus, 1758) en varias regiones del Pacífico occidental. En el presente estudio, se compararon la microbiota intestinal, el metaboloma y las actividades de enzimas digestivas clave entre los dos mejillones en competencia, para elucidar las diferencias en la microbiota intestinal y los puntos metabólicos. Observamos que , , y eran los tres filos bacterianos predominantes en las dos especies. La abundancia relativa de relacionada con la capacidad de degradación de carbohidratos fue significativamente mayor en que en . En comparación con , diferentes metabolitos, incluyendo maltosa y trehalosa, se enriquecieron en . Por último, se observaron mayores actividades de carbohidrasas de alfa-amilasa, celulasa y xilanasa en que en . Estas diferencias podrían desempeñar un papel importante en el proceso de adaptación de al nuevo entorno. Este estudio proporciona un conocimiento básico importante para investigar la competencia entre y en términos de utilización de recursos alimentarios.