Los probióticos se utilizan ampliamente en pollos de engorde para apoyar el microbioma intestinal, la salud intestinal y reducir la cantidad de antibióticos utilizados. A pesar de sus beneficios, existe preocupación por su capacidad para portar y propagar genes de resistencia a antimicrobianos (ARGs), lo que representa un riesgo significativo para la salud pública. Este estudio utilizó secuenciación de nueva generación para investigar los ARGs en probióticos aprobados para aves de corral, centrándose en su potencial para ser transferidos a través de elementos genéticos móviles como plásmidos y fagos. Examinamos los cambios en el microbioma intestinal y el resistoma en 60 pollos de engorde durante su período de crianza, correlacionando estos cambios con diferentes tratamientos probióticos. Se identificaron mecanismos de resistencia específicos contra antibióticos de importancia crítica, incluidos genes relacionados con la resistencia a fluoroquinolonas y resistencia a antibióticos péptidos. También encontramos genes con relevancia significativa para la salud pública y múltiples genes de resistencia a fármacos. Solo se detectó un gen codificado por un fago, sin evidencia de transmisión de plásmidos o elementos genéticos móviles. Además, el análisis metagenómico de muestras fecales no mostró cambios significativos correspondientes al tiempo o la dieta entre los grupos. Nuestros hallazgos destacan los riesgos potenciales asociados con el uso de probióticos en aves de corral, particularmente en lo que respecta al transporte de ARGs. Es crucial realizar más investigaciones sobre la genética molecular de los probióticos para desarrollar estrategias que mitiguen el riesgo de transferencia de genes de resistencia en la agricultura, asegurando el uso seguro y efectivo de probióticos en la ganadería.