El intestino de los organismos vivos alberga diferentes microbiotas asociadas con el funcionamiento biológico y la salud del huésped, e influye en el proceso de adaptación ecológica. Aquí, estudiamos la composición y las diferencias funcionales de la microbiota intestinal utilizando análisis de 16S rRNA y metagenómica en la tortuga de estanque china de tres quillas en estado salvaje, en granjas y liberadas. A nivel de filo, Bacteroidota dominó, seguido de Firmicutes, Fusobacteriota y Actinobacteriota en el grupo salvaje, pero Chloroflexi fue más abundante en los grupos de granja y liberados. Además, se encontraron abundantes en los cohortes liberados y de granja, respectivamente. Mostraron una abundancia en el grupo salvaje. La base de datos de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kioto (KEGG) reveló que la abundancia relativa de la mayoría de las rutas fue significativamente mayor en las tortugas salvajes (metabolismo de carbohidratos, metabolismo de lípidos, metabolismo de cofactores y vitaminas). La base de datos de resistencia a antibióticos (CARD) mostró que el subtipo de gen de resistencia a antibióticos (ARG) fue el más abundante en el grupo de tortugas de granja, mientras que fue mayor en las tortugas salvajes, y fue mayor en el grupo liberado. Nuestros hallazgos arrojan luz sobre la asociación entre la microbiota intestinal de y sus hábitats y podrían ser útiles para rastrear hábitats para proteger y conservar esta especie en peligro de extinción.