La rica biodiversidad de Kazajistán incluye diversas poblaciones de manzanas, notablemente el manzano silvestre, valorado por características como la resistencia a enfermedades y la adaptabilidad, lo que podría ayudar a los programas de cría. Analizar sus microbiomas ofrece información sobre la diversidad bacteriana y cómo influye en el desarrollo del manzano, convirtiéndolo en un método confiable para entender las interacciones ecológicas. En esta investigación, se recolectaron 334 muestras de manzanos de diferentes cadenas montañosas en el sureste de Kazajistán. Un análisis utilizando secuenciación de 16S rRNA basada en nanoporo mostró una similitud distinta en las composiciones de microbioma de las muestras de las cadenas montañosas de Zhongar y Ile Alatau, con una predominancia de ciertas bacterias. En contraste, las muestras de la cresta de Ketmen mostraron una mayor prevalencia de otras. Junto con la familia menos representada en la región de la cresta de Ketmen, también estaban presentes bacterias de otras familias. En todas las regiones, se identificaron bacterias beneficiosas asociadas a las plantas, que podrían mejorar la resiliencia de las plantas. Sin embargo, también se detectaron fitopatógenos oportunistas, particularmente en la región de Ile Alatau. Estos hallazgos destacan las complejas interacciones microbianas, ofreciendo así información clave sobre las relaciones huésped-microbio que pueden informar los esfuerzos de cría de manzanas y preservación ecológica.