La población de ciervos almizcleros de los bosques en cautiverio (FMD) está amenazada por diversas enfermedades, incluyendo neumonía hemorrágica, enfermedad por fitobezoares y enfermedad por abscesos, que impactan significativamente su salud y crecimiento. Debido al estatus del FMD como especie en peligro de extinción protegida, se realizan muestreos invasivos y experimentos con animales vivos bajo estricta supervisión legal y regulatoria. Es crucial desviar parte de la atención hacia la investigación que utilice muestras no invasivas. Realizamos una comparación de datos de metabolómica de cabello no dirigida entre FMD sanos y enfermos, identificando metabolitos y vías funcionales significativamente alterados en el grupo enfermo. Las diferencias observadas se correlacionaron con las enfermedades correspondientes en la literatura existente, y los biomarcadores candidatos demostraron capacidades para la clasificación de muestras. En conclusión, la metabolómica de cabello no invasiva presenta un potencial significativo para la detección temprana de enfermedades en FMD y el desarrollo de herramientas de diagnóstico.