El epidídimo es crucial para la maduración de los espermatozoides, con su región caudal almacenando espermatozoides maduros. Los yaks muestran una menor motilidad espermática y tasas más altas de anomalías que el ganado, pero los mecanismos metabólicos siguen siendo desconocidos. Este estudio comparó los metabolitos del líquido epididimal caudal entre seis yaks y seis bovinos utilizando metabolómica no dirigida. Se identificaron un total de 1098 y 1297 tipos de metabolitos anotados por la Base de Datos del Metaboloma Humano en el líquido epididimal caudal de yaks y bovinos, respectivamente, utilizando modos de iones positivos y negativos. El líquido epididimal caudal de yak exhibió perfiles metabólicos distintos en comparación con el ganado. Un total de 79 metabolitos fueron regulados al alza y 212 regulados a la baja en el modo de iones positivos, mientras que 110 fueron regulados al alza y 230 regulados a la baja en el modo de iones negativos. Entre estos, 14 metabolitos se informaron como promotores de la calidad, función o metabolismo de los espermatozoides al reducir el estrés oxidativo, bloquear la capacitación prematura de los espermatozoides y la reacción acrosómica espontánea, mejorar el metabolismo energético mitocondrial o facilitar la motilidad flagelar en el ganado u otras especies. Cuatro se informaron como perjudiciales para la calidad o función de los espermatozoides al aumentar la metilación del ADN, inhibir la motilidad de los espermatozoides, regular al alza los niveles de ROS y disminuir la motilidad espermática. En conjunto, este estudio estableció un valioso conjunto de datos de referencia metabolómica para la biología reproductiva del yak y proporcionó nuevas perspectivas sobre la regulación molecular de la función espermática.