España domina la producción de aguacates en Europa, siendo la variedad más prominente. A pesar de esto, la producción española satisface menos del 10% de la demanda total de aguacates en Europa. En consecuencia, el mercado europeo de aguacates depende en gran medida de las importaciones del extranjero, principalmente provenientes de Perú y Chile. En este contexto, se llevó a cabo una caracterización exhaustiva del perfil metabólico de los frutos de aguacate de España, Perú y Chile, disponibles en el mercado europeo durante todo el año. La determinación de sustancias relevantes se realizó utilizando RP-LC-MS de alta y baja resolución. Se observaron diferencias cuantitativas notables en cuanto a compuestos fenólicos, aminoácidos y nucleósidos. El análisis de componentes principales reveló un agrupamiento natural de los aguacates según su origen geográfico. Además, se estableció un patrón metabólico específico para cada país productor de aguacates utilizando análisis discriminante de mínimos cuadrados parciales supervisados. Los frutos españoles mostraron altos niveles de ácido coumarico malonil-hexosa II, ácido coumarico hexosa II y ácido ferúlico hexosa II, junto con niveles considerablemente bajos de ácido pantoténico y uridina. Los frutos de aguacate chilenos presentaron altas concentraciones de ácido abscísico, uridina, ácido ferúlico, ácido succínico y triptófano. Los frutos de Perú mostraron altas concentraciones de ácido dihidroxibenzoico hexosa, junto con niveles muy bajos de ácido p-coumarico, ácido ferúlico, ácido coumarico malonil-hexosa I y ácido ferúlico hexosa II.