Los protistas heterótrofos son componentes clave de los ecosistemas marinos. Actúan como controladores de la producción de bacterias y microfitobentos y contribuyen significativamente al flujo de carbono hacia niveles tróficos superiores. Sin embargo, los estudios de metabarcoding sobre comunidades de protistas bentónicos son mucho menos frecuentes que los de organismos planctónicos. Especialmente en el mar Báltico, que representa el mayor entorno de agua salobre en la Tierra, hasta ahora no se han realizado estudios extensos de metabarcoding para evaluar la diversidad de protistas bentónicos en este hábitat único y diverso. Este estudio tiene como objetivo proporcionar las primeras ideas sobre la diversidad de comunidades de protistas bentónicos en dos regiones diferentes del mar Báltico, Fehmarnbelt y Oderbank. Utilizando la secuenciación de amplicones de la región V9 del 18S rDNA de más de 100 muestras individuales de sedimento, pudimos mostrar diferencias significativas en la composición de la comunidad entre las dos regiones y proporcionar información sobre la distribución vertical de los protistas dentro del sedimento (0-20 cm). Los resultados indican que las diferencias en la composición de la comunidad en las diferentes regiones podrían explicarse por varios factores abióticos, como la salinidad y la profundidad del agua, pero también están influenciados por aspectos metodológicos, como las diferencias entre los resultados de ADN y ARN.