Identificación de lncARNs diferencialmente expresados en respuesta a la luz azul y análisis del patrón de expresión de álamo híbrido
Autores: Li, Hongyan; Zhang, Yiwen; Lan, Jinping; Wang, Shijie; Cai, Hongyu; Meng, Xin; Ren, Yachao; Yang, Minsheng
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Identificación de lncARNs diferencialmente expresados en respuesta a la luz azul y análisis del patrón de expresión de álamo híbrido
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
álamo
LncRNA
LED
Plataforma de secuenciación
MiRNA
Expresión génica
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 9
Citaciones: Sin citaciones
El álamo es una especie importante de cortavientos, de madera y de árbol urbano que ha sido el foco de la investigación forestal. El papel regulador de la molécula de ARN no codificante largo (lncRNA; longitud > 200 nt) ha sido un punto caliente de investigación en plantas. En este estudio, las plántulas de álamo fueron irradiadas con luz azul y blanca de LED, y se utilizó la plataforma de secuenciación Illumina HiSeq 2000 para identificar lncRNAs. |logFC| > 1 y < 0.05 se consideraron para indicar lncRNAs expresados diferencialmente, y se seleccionaron nueve lncRNAs expresados diferencialmente, cuyos genes objetivo fueron predichos, y se obtuvieron tres genes objetivo anotados funcionalmente. Los lncRNAs expresados diferencialmente fueron identificados como objetivos de miRNA. Se determinó que seis lncRNAs eran sitios objetivo para doce mRNAs en seis familias de miRNA. Los lncRNAs y sus genes objetivo, incluyendo lncRNA, fueron verificados mediante análisis de reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real, y se analizaron los patrones de expresión. El análisis mostró que la expresión se reguló a la baja, mientras que lncRNA y la expresión se reguló al alza, después de la exposición a la luz azul. Estos resultados indican que los lncRNAs interactúan con los miRNAs para regular la expresión génica y afectar el crecimiento y desarrollo de las plantas.
Descripción
El álamo es una especie importante de cortavientos, de madera y de árbol urbano que ha sido el foco de la investigación forestal. El papel regulador de la molécula de ARN no codificante largo (lncRNA; longitud > 200 nt) ha sido un punto caliente de investigación en plantas. En este estudio, las plántulas de álamo fueron irradiadas con luz azul y blanca de LED, y se utilizó la plataforma de secuenciación Illumina HiSeq 2000 para identificar lncRNAs. |logFC| > 1 y < 0.05 se consideraron para indicar lncRNAs expresados diferencialmente, y se seleccionaron nueve lncRNAs expresados diferencialmente, cuyos genes objetivo fueron predichos, y se obtuvieron tres genes objetivo anotados funcionalmente. Los lncRNAs expresados diferencialmente fueron identificados como objetivos de miRNA. Se determinó que seis lncRNAs eran sitios objetivo para doce mRNAs en seis familias de miRNA. Los lncRNAs y sus genes objetivo, incluyendo lncRNA, fueron verificados mediante análisis de reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa en tiempo real, y se analizaron los patrones de expresión. El análisis mostró que la expresión se reguló a la baja, mientras que lncRNA y la expresión se reguló al alza, después de la exposición a la luz azul. Estos resultados indican que los lncRNAs interactúan con los miRNAs para regular la expresión génica y afectar el crecimiento y desarrollo de las plantas.