Secuenciación del genoma completo de baja cobertura (lcWGS) en ganado: Análisis del potencial y perspectivas de aplicación
Autores: Kostyunina, Olga; Koldichev, Nikita; Nemkovskiy, Gleb; Traspov, Alexey; Ermilov, Anton; Bakoev, Faridun; Chesnokov, Dmitriy; Panova, Anna; Antonovskaia, Kseniia; Kusnetzov, Alexander; Belyakov, Vladimir
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2025
Acceso abierto
Artículo científico
2025
Secuenciación del genoma completo de baja cobertura (lcWGS) en ganado: Análisis del potencial y perspectivas de aplicación
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Baja cobertura
Secuenciación del genoma completo
Variantes genéticas
Predicciones genómicas
Profundidad de secuenciación
Panel de referencia
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 9
Citaciones: Sin citaciones
La secuenciación de genoma completo de baja cobertura (lcWGS) permite leer una pequeña porción del ADN de cada animal a lo largo de todo el genoma a bajo costo. Cuando se combina con métodos computacionales, este enfoque puede reconstruir con precisión perfiles genéticos completos. Esta revisión muestra que lcWGS es efectivo para la genómica del ganado: captura variantes genéticas raras y específicas de razas mejor que los chips SNP estándar, apoya predicciones genómicas precisas y se vuelve competitivo en costos. Los factores clave que afectan su rendimiento incluyen la profundidad de secuenciación (típicamente 0.5-2x), el tamaño y la composición del panel de referencia, y la elección del software de imputación. Si bien persisten desafíos, como la optimización de protocolos para animales cruzados y regiones genómicas complejas, lcWGS es una herramienta práctica y escalable para los programas de cría de ganado modernos.
Descripción
La secuenciación de genoma completo de baja cobertura (lcWGS) permite leer una pequeña porción del ADN de cada animal a lo largo de todo el genoma a bajo costo. Cuando se combina con métodos computacionales, este enfoque puede reconstruir con precisión perfiles genéticos completos. Esta revisión muestra que lcWGS es efectivo para la genómica del ganado: captura variantes genéticas raras y específicas de razas mejor que los chips SNP estándar, apoya predicciones genómicas precisas y se vuelve competitivo en costos. Los factores clave que afectan su rendimiento incluyen la profundidad de secuenciación (típicamente 0.5-2x), el tamaño y la composición del panel de referencia, y la elección del software de imputación. Si bien persisten desafíos, como la optimización de protocolos para animales cruzados y regiones genómicas complejas, lcWGS es una herramienta práctica y escalable para los programas de cría de ganado modernos.