Este artículo analizó los efectos del tamaño del problema y el mecanismo de propuesta del problema en los procesos de toma de decisiones, para el fabricante y el proveedor, con respecto al procesamiento de un problema en un nuevo sistema colaborativo principal fabricante-proveedor utilizando la teoría de juegos evolutiva. Los problemas imprevistos pueden surgir en el proceso de investigación y desarrollo (I+D) colaborativo de productos complejos, como grandes aviones de pasajeros, sin ningún contrato avanzado relativo, y cualquiera de los jugadores correrá riesgos al anunciarlo. Además de los factores de costo e ingreso tradicionales, tomamos en cuenta otros dos factores (es decir, el tamaño del problema y el mecanismo de propuesta del problema) en el examen del mecanismo de procesamiento del problema. Con la teoría de juegos evolutiva aplicada, podemos obtener los estados de toma de decisiones estables de ambos jugadores y cómo estos dos factores afectan el mecanismo de procesamiento del problema. A partir del resultado, encontramos que el tamaño del problema tiene poco efecto en las decisiones de los dos jugadores, mientras que el mecanismo de procesamiento del problema tiene un impacto cuando las experiencias o las capacidades del fabricante y el proveedor están desequilibradas. Este artículo contribuye al fabricante y al proveedor en un sistema colaborativo recién establecido a considerar cómo comportarse cuando surjan problemas imprevistos.