Las ciruelas (spp.) son cultivos frutales caducifolios importantes en el mundo. China es un productor principal de Lindl., pero la relación genética de las ciruelas chinas en las principales regiones de producción sigue siendo poco clara. En este estudio, se utilizaron 14 cebadores de repeticiones simples intersecadas (ISSR) de la Universidad de Columbia Británica (UBC) para analizar 33 variedades de ciruelas cultivadas en la provincia de Fujian con el fin de determinar su diversidad genética y estructura poblacional. Se generaron un total de 146 bandas, de las cuales 130 eran polimórficas. El porcentaje medio de bandas polimórficas fue del 89.04%, el valor del índice de información de Shannon fue de 0.38 y el valor del índice genético de Nei fue de 0.24. Utilizando árboles no enraizados (método de Neighbor-Joining), las 33 variedades se clasificaron en cuatro grupos. El gráfico de división las separó en dos grupos principales, cada uno con dos subgrupos. Los dos árboles filogenéticos indican que la presión de selección ambiental o natural es un factor importante que influye en su relación genética. El análisis de la estructura poblacional reveló que tienen intercambios genéticos frecuentes entre subpoblaciones cerradas; por lo tanto, la variación genética ocurre principalmente dentro de la población. Además, basándonos en el análisis filogenético y las características morfológicas únicas de los frutos, proponemos que la variedad local china Nai podría contribuir significativamente al desarrollo de la famosa variedad Wickson.