La gobernanza se ha convertido en un pilar fundamental para abordar los vínculos complejos entre múltiples recursos como el agua, la energía y los alimentos. Sin embargo, las contribuciones de la investigación en gobernanza en proyectos de investigación interdisciplinarios son escasas o altamente controvertidas. Basándonos en experiencias relacionadas con la Gestión Integrada de Recursos Hídricos de proyectos de investigación alemanes en países emergentes y en desarrollo, demostramos cómo fortalecer los análisis de gobernanza relacionados con el NEXUS: debe haber un enfoque más fuerte en el análisis de estrategias de gobernanza existentes y útiles, así como de las condiciones para las transiciones de gobernanza; los análisis de gobernanza deben referirse a diferentes tipos de problemas, en lugar de centrarse únicamente en casos individuales y análisis abstractos; y las respuestas deben basarse en una práctica más elaborada de investigación inter y transdisciplinaria. Estas sugerencias deben implementarse a nivel de investigadores individuales, pero también deben requerir incentivos a nivel institucional.