Los resultados obtenidos para las mejores poses, el promedio de las mejores 5 o 30 poses retenidas después del acoplamiento, fueron analizados. Una comparación con los efectos inhibitorios observados experimentalmente también fue realizada. La aplicación del análisis InterCriteria confirma que el rendimiento de las funciones de puntuación para el mismo conjunto de ligandos depende de la proteína estudiada. El análisis revela que ninguna de las funciones de puntuación estudiadas es un buen predictor de las afinidades de unión de los compuestos para los objetivos proteicos considerados.