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Análisis integral de identificación y expresión de la familia de proteínas unidas a ARN YTH en fresa

Autores: Xu, Pengbo; Li, Xinyu; Fan, Junmiao; Wang, Chong; Lin, Anqi; Lian, Hongli

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2023

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Acceso abierto

Artículo científico
2023

Análisis integral de identificación y expresión de la familia de proteínas unidas a ARN YTH en fresa


Categoría

Ciencias Agrícolas y Biológicas

Subcategoría

Botánica

Palabras clave

Crecimiento de plantas
Procesos de desarrollo
Proteína de unión a ARN
Expresión génica
Regulación génica
Datos del transcriptoma

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 9

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
Los procesos de crecimiento y desarrollo de las plantas están regulados de manera estricta a múltiples niveles, incluidos los niveles transcripcional y post-transcripcional, y la proteína de unión a ARN YTH regula la expresión génica durante el crecimiento y desarrollo a nivel post-transcripcional al regular el empalme, procesamiento, estabilidad y traducción del ARN. Realizamos una caracterización sistemática de los genes en la fresa de bosque diploide e identificamos un total de nueve genes. Con la ayuda del análisis filogenético, se encontró que estos nueve genes pertenecen a dos grupos diferentes, YTHDC y YTHDF, siendo YTHDF subdividido en tres subfamilias. El análisis de replicación mostró que son un par de genes generados por replicación de repetición en tándem. Estos dos genes tienen similitudes en la estructura génica, número de motivos y patrones de distribución. El análisis del promotor reveló la presencia de múltiples elementos relacionados con el desarrollo, la respuesta al estrés y la respuesta a hormonas. El análisis de los datos de transcriptoma disponibles mostró que los niveles de expresión de la mayoría de los genes eran estables sin cambios dramáticos durante el desarrollo en diferentes tejidos. Sin embargo, mantuvo altos niveles de expresión en todos los tejidos y durante el desarrollo del fruto, y se expresó a niveles más altos en tejidos como flores, hojas y plántulas, mientras que fue significativamente más bajo en frutos blancos y frutos en maduración con poca fluctuación. En conjunto, nuestro estudio proporciona información básica perspicaz y completa para el estudio de genes en la fresa.

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