Análisis integral de identificación y expresión de la familia de proteínas unidas a ARN YTH en fresa
Autores: Xu, Pengbo; Li, Xinyu; Fan, Junmiao; Wang, Chong; Lin, Anqi; Lian, Hongli
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Análisis integral de identificación y expresión de la familia de proteínas unidas a ARN YTH en fresa
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Crecimiento de plantas
Procesos de desarrollo
Proteína de unión a ARN
Expresión génica
Regulación génica
Datos del transcriptoma
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 9
Citaciones: Sin citaciones
Los procesos de crecimiento y desarrollo de las plantas están regulados de manera estricta a múltiples niveles, incluidos los niveles transcripcional y post-transcripcional, y la proteína de unión a ARN YTH regula la expresión génica durante el crecimiento y desarrollo a nivel post-transcripcional al regular el empalme, procesamiento, estabilidad y traducción del ARN. Realizamos una caracterización sistemática de los genes en la fresa de bosque diploide e identificamos un total de nueve genes. Con la ayuda del análisis filogenético, se encontró que estos nueve genes pertenecen a dos grupos diferentes, YTHDC y YTHDF, siendo YTHDF subdividido en tres subfamilias. El análisis de replicación mostró que son un par de genes generados por replicación de repetición en tándem. Estos dos genes tienen similitudes en la estructura génica, número de motivos y patrones de distribución. El análisis del promotor reveló la presencia de múltiples elementos relacionados con el desarrollo, la respuesta al estrés y la respuesta a hormonas. El análisis de los datos de transcriptoma disponibles mostró que los niveles de expresión de la mayoría de los genes eran estables sin cambios dramáticos durante el desarrollo en diferentes tejidos. Sin embargo, mantuvo altos niveles de expresión en todos los tejidos y durante el desarrollo del fruto, y se expresó a niveles más altos en tejidos como flores, hojas y plántulas, mientras que fue significativamente más bajo en frutos blancos y frutos en maduración con poca fluctuación. En conjunto, nuestro estudio proporciona información básica perspicaz y completa para el estudio de genes en la fresa.
Descripción
Los procesos de crecimiento y desarrollo de las plantas están regulados de manera estricta a múltiples niveles, incluidos los niveles transcripcional y post-transcripcional, y la proteína de unión a ARN YTH regula la expresión génica durante el crecimiento y desarrollo a nivel post-transcripcional al regular el empalme, procesamiento, estabilidad y traducción del ARN. Realizamos una caracterización sistemática de los genes en la fresa de bosque diploide e identificamos un total de nueve genes. Con la ayuda del análisis filogenético, se encontró que estos nueve genes pertenecen a dos grupos diferentes, YTHDC y YTHDF, siendo YTHDF subdividido en tres subfamilias. El análisis de replicación mostró que son un par de genes generados por replicación de repetición en tándem. Estos dos genes tienen similitudes en la estructura génica, número de motivos y patrones de distribución. El análisis del promotor reveló la presencia de múltiples elementos relacionados con el desarrollo, la respuesta al estrés y la respuesta a hormonas. El análisis de los datos de transcriptoma disponibles mostró que los niveles de expresión de la mayoría de los genes eran estables sin cambios dramáticos durante el desarrollo en diferentes tejidos. Sin embargo, mantuvo altos niveles de expresión en todos los tejidos y durante el desarrollo del fruto, y se expresó a niveles más altos en tejidos como flores, hojas y plántulas, mientras que fue significativamente más bajo en frutos blancos y frutos en maduración con poca fluctuación. En conjunto, nuestro estudio proporciona información básica perspicaz y completa para el estudio de genes en la fresa.