El rábano es una raíz importante que se cultiva ampliamente en Asia. El nematodo de nudo de raíz (RKN) afecta seriamente el crecimiento y desarrollo de la raíz de rábano y causa una mala calidad de apariencia. Sin embargo, el mecanismo molecular de la respuesta del rábano a los RKN sigue siendo poco comprendido. En este estudio, un total de 220 lncRNAs, 1144 mRNAs, 20 miRNAs y 153 proteínas se expresaron diferencialmente entre las muestras infectadas por RKN y WT. El análisis de correlación de todas las DEPs en comparación con todos los DGEs mostró que 8 mRNAs-DEPs mostraron un cambio en la abundancia. Los resultados mostraron que 18 DEmiRNAs tienen 167 DEGs objetivo en 220 módulos miRNA-objetivo y 29 DElncRNAs fueron predichos como objetivos potenciales de 16 DEmiRNAs en 37 módulos miRNA-objetivo. En total, se identificaron 6 DGEs en la vía del ABA y 2 DGEs en la vía del JA bajo la infección por RKN, respectivamente. Se construyeron cuatro redes regulatorias de lncRNA-miRNA-mRNA en respuesta a la infección por RKN. El análisis de qRT-PCR encontró que el patrón de expresión de 6 DElncRNAs, 6 DEmRNAs, 6 DEmiRNAs y 6 DEPs fue consistente con los resultados de secuenciación. Estos resultados proporcionan una base teórica para estudiar el mecanismo molecular del rábano en respuesta y criar variedades resistentes a este nematodo.