La integración de la expresión génica (GE) y la interacción proteína-proteína (PPI) no es directa porque la primera se proporciona como una matriz, mientras que la segunda se proporciona como una red. En muchos casos, los genes procesados con análisis de GE se refinan aún más en función de una red de PPI o viceversa. Esto apenas se considera como una verdadera integración de GE y PPI.