La tecnología digital impulsa la transformación industrial global. El desarrollo sincronizado de la transformación digital organizacional y los sistemas de innovación es fundamental en la estrategia corporativa y la gobernanza gubernamental. Los mecanismos de interacción dinámica entre la economía digital, la política de innovación gubernamental y la capacidad de innovación regional siguen siendo insuficientemente explorados. Este estudio emplea datos de panel de 15 ciudades a nivel de prefectura dentro de la aglomeración urbana del Delta del Río Yangtsé, abarcando los años 2012 a 2020, y utiliza el modelo de autorregresión vectorial de panel (PVAR) para investigar las interrelaciones entre la economía digital, las preferencias de innovación del gobierno (la actitud de apoyo del gobierno y la inclinación política hacia actividades innovadoras en los campos de la ciencia y la tecnología, así como el desarrollo económico) y la capacidad de innovación regional. Esta investigación enfatiza el impacto de la economía digital en la capacidad de innovación regional y la influencia de las preferencias de innovación del gobierno en la capacidad de innovación regional. Los hallazgos indican que tanto la economía digital como las preferencias de innovación del gobierno mejoran significativamente la innovación tecnológica y de productos, siendo este efecto particularmente pronunciado en las etapas iniciales pero disminuyendo con el tiempo. Las tres dimensiones de la economía digital ejercen efectos variados sobre la innovación tecnológica y de productos. Específicamente, la aplicación digital tiene el impacto más sustancial en la innovación tecnológica, mientras que la infraestructura tiene un efecto más pronunciado en la innovación de productos. En general, la influencia de las preferencias de innovación del gobierno sobre la innovación tecnológica y de productos es menos significativa que la de la economía digital. La intensidad de las preferencias de innovación del gobierno tiene un mayor impacto que la estructura de las preferencias de innovación del gobierno; sin embargo, a largo plazo, la estructura de las preferencias de innovación del gobierno puede ejercer una influencia más estable y sostenible. Este estudio ofrece implicaciones políticas para construir un ecosistema de innovación impulsado por la sinergia entre las fuerzas gubernamentales y del mercado, particularmente en la optimización de los sistemas de gobernanza de datos y la planificación de caminos de transformación sostenible, que tienen un valor práctico.