El durazno (L.) es uno de los cultivos de frutas de hueso más importantes a nivel mundial. Sin embargo, la producción exitosa de frutas de durazno se ve seriamente reducida por las pérdidas debidas al agente causal de la podredumbre marrón. El quitosano tiene un amplio espectro de propiedades antimicrobianas y también puede actuar como un elicitor que activa las respuestas de defensa en las plantas. Dado que se sabe poco sobre el potencial de elicitud del quitosano en los frutos de durazno y su impacto en sus perfiles a nivel transcripcional, el objetivo de este estudio fue descubrir, utilizando RNA-seq, las respuestas inducidas reguladas por la acción del quitosano en la interacción fruta-quitosano. Se obtuvieron muestras de frutos tratados con quitosano o inoculados con, así como de frutos pretratados con quitosano y posteriormente inoculados con el hongo. Se encontró que el quitosano retrasaba la descomposición postcosecha de los frutos, y los perfiles de expresión mostraron que sus efectos de preparación de defensa eran principalmente evidentes después del desafío del patógeno, impulsados particularmente por modulaciones de genes expresados diferencialmente (DEGs) relacionados con modificaciones de la pared celular, percepción del patógeno y transducción de señales, previniendo la propagación del hongo. En contraste, a medida que se desafiaba la interacción compatible de los frutos con, se desencadenaba un cambio hacia las respuestas de defensa con un retraso, que fue insuficiente para limitar la expansión fúngica, mientras que los DEGs involucrados en procesos particulares facilitaron la colonización temprana del patógeno. También se midieron indicadores fisiológicos de los frutos de durazno. Además, los perfiles de expresión de genes particulares destacan la actividad antimicrobiana directa del quitosano contra el hongo. En general, los resultados aclaran los posibles mecanismos de tolerancia mediada por quitosano a y establecen nuevas bases para el posible empleo del quitosano en el control de la podredumbre marrón en los duraznos.