La diversidad genética juega un papel vital en la adaptabilidad del salmón a las condiciones ambientales cambiantes que pueden introducir nuevas presiones selectivas en las poblaciones. La variabilidad entre las subpoblaciones locales puede aumentar la probabilidad de que ciertos genes ventajosos se transmitan a las generaciones futuras para mitigar la susceptibilidad a enfermedades novedosas, océanos en calentamiento, pérdida de reservas genéticas y acidificación del océano. Los genes de clase I y II del complejo mayor de histocompatibilidad (MHC) son cruciales para la aptitud del salmón Chinook debido al papel que desempeñan en la resistencia a enfermedades y patógenos. El objetivo de este estudio fue evaluar la variabilidad de la secuencia de ADN entre poblaciones silvestres y de criadero de salmón Chinook de Alaska en los exones alfa1 de clase I y beta1 de clase II del MHC. Hipotetizamos que las 96 muestras silvestres tomadas del río Deshka mostrarían niveles más altos de heterocigosidad observada (Ho) en relación con la heterocigosidad esperada (He), sugiriendo que los individuos con fenotipos similares se aparean entre sí con más frecuencia de lo que se esperaría bajo patrones de apareamiento aleatorio. Por el contrario, dado que no ocurre selección de pareja en el criadero de peces deportivos William Jack Hernandez, no esperaríamos ver esta discrepancia (He = Ho) en los 96 peces de criadero analizados en este estudio. Alternativamente, hipotetizamos que la selección post-apareamiento está impulsando niveles más altos de heterocigosidad observada en lugar de la selección de pareja. Si este es el caso, observaremos niveles de heterocigosidad más altos de lo esperado entre los salmones de criadero. Ambas poblaciones mostraron niveles más altos de heterocigosidad observada que de heterocigosidad esperada en los loci de clase I y II, pero la diferenciación genética entre las comunidades espacialmente distintas fue mínima. Las secuencias de clase I mostraron evidencia de selección equilibrante, a pesar de las altas tasas de sustituciones no sinónimas observadas, específicamente en las regiones de unión de péptidos de ambos genes del MHC.