El virus de la enfermedad de caída de escamas (SDDV), un virus de ADN de doble cadena de la familia, se ha reportado ampliamente en países del sudeste asiático como un agente causante del síndrome de caída de escamas (SDS) en el lubina asiática. El SDS ha resultado en alta mortalidad y pérdidas económicas significativas para la industria de la acuicultura. Este estudio demostró el uso de métodos metagenómicos para investigar las comunidades bacterianas y virales presentes en tejidos de peces infectados y recuperar un genoma completo del agente causante llamado SDDV TH7_2019. La caracterización del genoma TH7_2019 reveló un tamaño de genoma de 131 kb con 134 ORFs putativos que codifican proteínas virales potencialmente asociadas con la manipulación de la apoptosis del huésped. Un análisis comparativo del genoma mostró un alto grado de identidad de aminoácidos entre las cepas de SDDV, con variaciones en el número de secuencias repetidas y mutaciones dentro de los genes centrales. Los análisis filogenéticos indican una relación cercana entre los genomas de SDDV. Esta investigación mejora nuestra comprensión de la diversidad genética y la relación evolutiva de SDDV, contribuyendo con valiosos conocimientos para el desarrollo de estrategias de control efectivas contra SDDV.