Las ligasas de ubiquitina E3 U-box (PUB) de plantas han experimentado una expansión significativa en comparación con sus contrapartes fúngicas y animales. Estas ligasas E3 desempeñan roles críticos en diversos procesos biológicos, incluidas las respuestas a estrés biótico y abiótico. Sin embargo, la identificación sistemática de genes en el pepino ha sido escasa, y su expresión y caracterización funcional permanecen en gran medida inexploradas. Aprovechando el genoma casi completo del pepino recientemente liberado, identificamos 53 proteínas PUB putativas clasificadas en ocho grupos distintos según la arquitectura de dominios. Los pesos moleculares de los CsPUBs varían de 26 a 166 kilodaltons (kDa). El número de exones en los genes varía sustancialmente, con un máximo de 17 exones, mientras que 18 genes solo contienen un único exón. La distribución cromosómica es desigual, con el cromosoma 3 albergando la mayor densidad (12 genes) y el cromosoma 7 la más baja (1 gen). Notablemente, se identificaron duplicaciones en tándem y siete pares de genes colineales, lo que sugiere una diversificación evolutiva. Las regiones promotoras están enriquecidas con elementos reguladores vinculados al crecimiento y desarrollo de las plantas, fitohormonas, respuestas al estrés, luz, entre otros, lo que implica sus roles regulatorios en varios procesos biológicos. El perfil de expresión reveló patrones específicos de tejido y regulación diferencial de múltiples genes bajo condiciones de estrés. Los estudios de localización subcelular demostraron que los CsPUBs se dirigen a diversos orgánulos, con algunos localizándose en estructuras punteadas que potencialmente representan compartimentos no caracterizados. En conjunto, este análisis sistemático establece un marco integral para comprender las funciones particulares de los CsPUB.