Caracterización a Nivel del Genoma de Genes de la Familia y Análisis de Expresión en Respuesta al Estrés Osmótico en
Autores: Zhao, Leifei; Bi, Weiyi; Jia, Yaqi; Shi, Jingjing; Chi, Yao; Yu, Mingyu; Wang, Chao
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Caracterización a Nivel del Genoma de Genes de la Familia y Análisis de Expresión en Respuesta al Estrés Osmótico en
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Factores de transcripción
Plantas
Crecimiento
Estrés
Genes
Estrés por sequía
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 12
Citaciones: Sin citaciones
La familia bHLH, como una superfamilia de factores de transcripción (TFs), tiene características funcionales especiales en las plantas y desempeña un papel crucial en el crecimiento y desarrollo de la planta, así como en ayudar a la planta a hacer frente a diversas tensiones. En este estudio, se seleccionaron 128 genes de la familia en el genoma del abedul utilizando análisis de escaneo de dominios conservados y blast. Estos genes se agrupan en 21 subfamilias según la construcción del árbol filogenético y están distribuidos de manera desigual entre los 14 cromosomas del abedul. En total, se identificaron 22 pares de duplicación segmental con 27 genes. Las duplicaciones se distribuyeron en ocho cromosomas. El análisis de las estructuras génicas y los motivos proteicos reveló la conservación intra-grupo de los BpbHLHs. De los genes de la familia, 16 contienen solo un intrón cada uno. El gen que contiene más intrones tiene 19. Se encontraron elementos cis, que responden a hormonas vegetales, luz, defensa y estrés, en el promotor de los genes de la familia. Según el análisis de datos de RNA-seq, bajo estrés osmótico de PEG, la mayoría de los genes se expresaron diferencialmente, y ocho se expresaron de manera altamente diferencial. Los resultados del análisis de qRT-PCR indicaron además que fue el gen con el nivel de expresión más alto en hojas, raíces y tallos, y que la expresión de estos ocho genes fue mayor en hojas que en raíces y tallos, y se reguló al alza en los tres tejidos bajo estrés osmótico en comparación con los controles. El análisis anterior sugiere que los genes de la familia tienen un cierto efecto biológico bajo estrés por sequía, lo que proporciona una base para la cría molecular para la resistencia al estrés en el abedul.
Descripción
La familia bHLH, como una superfamilia de factores de transcripción (TFs), tiene características funcionales especiales en las plantas y desempeña un papel crucial en el crecimiento y desarrollo de la planta, así como en ayudar a la planta a hacer frente a diversas tensiones. En este estudio, se seleccionaron 128 genes de la familia en el genoma del abedul utilizando análisis de escaneo de dominios conservados y blast. Estos genes se agrupan en 21 subfamilias según la construcción del árbol filogenético y están distribuidos de manera desigual entre los 14 cromosomas del abedul. En total, se identificaron 22 pares de duplicación segmental con 27 genes. Las duplicaciones se distribuyeron en ocho cromosomas. El análisis de las estructuras génicas y los motivos proteicos reveló la conservación intra-grupo de los BpbHLHs. De los genes de la familia, 16 contienen solo un intrón cada uno. El gen que contiene más intrones tiene 19. Se encontraron elementos cis, que responden a hormonas vegetales, luz, defensa y estrés, en el promotor de los genes de la familia. Según el análisis de datos de RNA-seq, bajo estrés osmótico de PEG, la mayoría de los genes se expresaron diferencialmente, y ocho se expresaron de manera altamente diferencial. Los resultados del análisis de qRT-PCR indicaron además que fue el gen con el nivel de expresión más alto en hojas, raíces y tallos, y que la expresión de estos ocho genes fue mayor en hojas que en raíces y tallos, y se reguló al alza en los tres tejidos bajo estrés osmótico en comparación con los controles. El análisis anterior sugiere que los genes de la familia tienen un cierto efecto biológico bajo estrés por sequía, lo que proporciona una base para la cría molecular para la resistencia al estrés en el abedul.