Identificación a Nivel Genómico y Análisis de Expresión de la Familia de Genes del Factor de Respuesta a Auxinas (ARF) en Indica Sus Posibles Roles en el Desarrollo de Raíces
Autores: Yan, Min; Yan, Yan; Wang, Ping; Wang, Yingping; Piao, Xiangmin; Di, Peng; Yang, Deok-Chun
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Identificación a Nivel Genómico y Análisis de Expresión de la Familia de Genes del Factor de Respuesta a Auxinas (ARF) en Indica Sus Posibles Roles en el Desarrollo de Raíces
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Factores responsivos a auxinas
Ginseng
Genes
Familia de genes ARF
Análisis a nivel genómico
Análisis filogenético
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 16
Citaciones: Sin citaciones
Los factores de respuesta a auxinas (ARFs) son una clase importante de factores de transcripción y son un componente esencial de la señalización de auxinas. Este estudio realizó un análisis a nivel genómico de la familia de genes ARF en ginseng y presentó sus hallazgos. Se descubrieron cincuenta y tres genes ARF específicos de ginseng tras estudiar el genoma de ginseng. La secuencia codificante (CDS) tiene una longitud de 1092-4098 pares de bases y codifica una secuencia de proteínas de 363-1565 aminoácidos. Entre ellos, uno tiene el menor número de exones (2) y otro tiene el mayor número de exones (18). Estos genes se distribuyeron en seis subgrupos basados en los resultados obtenidos del análisis filogenético. En cada subgrupo, la mayoría de los genes mostraron estructuras intrón/exón comparables. Los genes están distribuidos de manera desigual en 20 cromosomas. La mayoría de los PgARFs tienen dominios de unión a ADN B3, Auxin_resp y PB1. La región promotora contiene varios dominios funcionales como hormonas vegetales, señales de luz y funciones de desarrollo. Las duplicaciones segmentales contribuyen a la expansión de la familia de genes en ginseng, y los genes han experimentado selección purificadora durante la evolución. Los resultados transcriptómicos mostraron que algunos tenían diferentes patrones de expresión en diferentes partes del ginseng; la mayoría fueron afectados por hormonas exógenas, y unos pocos respondieron al estrés ambiental. Se sugiere que uno está involucrado en el desarrollo de ginseng al regular genes mediadores de hormonas. Otros están situados en el núcleo, y ambos mejoran notablemente la longitud de crecimiento de las raíces en Arabidopsis. Nuestros hallazgos ofrecen una base teórica y práctica para explorar el papel de uno en el crecimiento de las raíces de ginseng.
Descripción
Los factores de respuesta a auxinas (ARFs) son una clase importante de factores de transcripción y son un componente esencial de la señalización de auxinas. Este estudio realizó un análisis a nivel genómico de la familia de genes ARF en ginseng y presentó sus hallazgos. Se descubrieron cincuenta y tres genes ARF específicos de ginseng tras estudiar el genoma de ginseng. La secuencia codificante (CDS) tiene una longitud de 1092-4098 pares de bases y codifica una secuencia de proteínas de 363-1565 aminoácidos. Entre ellos, uno tiene el menor número de exones (2) y otro tiene el mayor número de exones (18). Estos genes se distribuyeron en seis subgrupos basados en los resultados obtenidos del análisis filogenético. En cada subgrupo, la mayoría de los genes mostraron estructuras intrón/exón comparables. Los genes están distribuidos de manera desigual en 20 cromosomas. La mayoría de los PgARFs tienen dominios de unión a ADN B3, Auxin_resp y PB1. La región promotora contiene varios dominios funcionales como hormonas vegetales, señales de luz y funciones de desarrollo. Las duplicaciones segmentales contribuyen a la expansión de la familia de genes en ginseng, y los genes han experimentado selección purificadora durante la evolución. Los resultados transcriptómicos mostraron que algunos tenían diferentes patrones de expresión en diferentes partes del ginseng; la mayoría fueron afectados por hormonas exógenas, y unos pocos respondieron al estrés ambiental. Se sugiere que uno está involucrado en el desarrollo de ginseng al regular genes mediadores de hormonas. Otros están situados en el núcleo, y ambos mejoran notablemente la longitud de crecimiento de las raíces en Arabidopsis. Nuestros hallazgos ofrecen una base teórica y práctica para explorar el papel de uno en el crecimiento de las raíces de ginseng.