La familia de genes Sox constituye factores de transcripción con una caja de grupo de alta movilidad conservada (HMG) que regulan una variedad de procesos de desarrollo, incluyendo la diferenciación sexual, el desarrollo neural, del cartílago y embrionario temprano. En este estudio, analizamos y caracterizamos sistemáticamente los 20 genes Sox del genoma completo del búfalo, utilizando análisis genómicos comparativos y evolutivos. Todos los genes Sox del búfalo se dividieron en nueve subgrupos, y cada gen tenía un número específico de exones e intrones, lo que contribuyó a diferentes estructuras génicas. La filogenia molecular reveló una mayor similitud de secuencia de los genes Sox del búfalo con los de ganado. Además, el análisis evolutivo reveló que el dominio HMG se mantuvo conservado en todos los miembros de la familia de genes Sox. De manera similar, todos los genes están bajo una fuerte presión de selección purificadora; ocurrieron siete duplicaciones segmentarias de 9.65 a 21.41 millones de años atrás (MYA), y también se predijeron cuatro posibles puntos de ruptura de recombinación. El análisis mutacional reveló veinte mutaciones no sinónimas con efectos potenciales en funciones fisiológicas, incluyendo el desarrollo embrionario y la diferenciación celular en el búfalo. El presente estudio proporciona información sobre la arquitectura genética de la familia de genes Sox en el búfalo, destaca la importancia de las mutaciones y proporciona su utilidad potencial para la selección asistida por marcadores para la mejora genética dirigida en el búfalo.