La industria del pato es un pilar importante de la industria ganadera de China; sin embargo, el desarrollo de la industria del pato en China se ha visto limitado por la baja productividad de las razas de pato doméstico locales debido a la selección y cría no sistemáticas. El pato Matahu, el pato perdiz de Weishan y el pato negro de Wendeng son razas endémicas en Shandong con complejos antecedentes genéticos, que son piscinas naturales de material para la selección y mejora de patos, pero los datos de variación estructural a nivel genómico aún no se han resuelto y todavía están por ser explotados. En este estudio, sintetizamos los conjuntos de datos de SV de tres razas utilizando dos programas de software, LUMPY y DELLY, y contamos la distribución de los SV. Sobre esta base, analizamos su estructura genética poblacional e inferimos preliminarmente la relación de parentesco de las tres razas. Esto es consistente con los resultados de nuestra investigación anterior basada en loci de polimorfismo de nucleótido único. Utilizamos un método de análisis de señal de selección (Fst) para cualquier par de las tres razas entre las variedades. Encontramos un enriquecimiento significativo de entradas de GO y vías de KEGG relacionadas con el desarrollo del sistema nervioso en las diferentes razas. Además, también se identificaron algunos genes relacionados con el ensamblaje del huso y el metabolismo energético. Este estudio identificó y anotó la variación estructural de tres razas de pato doméstico locales, dedujo preliminarmente las afinidades de las razas de pato doméstico locales y dividió las diferencias genéticas entre diferentes razas, lo que proporciona una referencia importante para la conservación de los recursos de razas de pato y el cultivo de nuevas razas en China.