La prolina, un compuesto osmorregulador crítico, es integral en diversas respuestas al estrés en las plantas. El gen que codifica la enzima limitante de la tasa en la biosíntesis de prolina, conocida como sintasa de delta1-pirrolina-5-carboxilato, es fundamental para estas vías de respuesta al estrés. Aunque las funciones de los genes en las plantas han sido ampliamente documentadas, sus roles específicos en el algodón siguen siendo inadecuadamente caracterizados. En este estudio, identificamos 40 genes en cuatro especies de algodón con diversas longitudes de secuencia y pesos moleculares. El análisis filogenético de 100 genes de nueve especies reveló tres subgrupos, con estrecha relación con . El análisis de colinealidad destacó diferencias significativas en pares de genes colineales, indicando divergencia evolutiva entre los genes en algodón tetraploide y diploide. Las estructuras de exón-intrón y los motivos conservados se correlacionaron con las relaciones filogenéticas, sugiriendo una diferenciación funcional. Elementos responsivos al estrés en los promotores sugieren participación en el estrés abiótico. El análisis de expresión bajo estrés salino reveló expresiones diferenciales de genes, con emergiendo como un posible regulador clave. La silenciamiento génico inducido por virus confirmó el papel fundamental de en la respuesta al estrés salino del algodón, como lo evidencian la mayor sensibilidad al sal en las plantas silenciadas. Este estudio mejora nuestra comprensión de la diversidad funcional y los roles de los genes en el algodón bajo condiciones de estrés.