El análisis de secuenciación del genoma completo revela los mecanismos de evolución de características biológicas típicas de
Autores: Deng, Wen-Jian; Li, Qian-Qian; Shuai, Hao-Nan; Wu, Ren-Xie; Niu, Su-Fang; Wang, Qing-Hua; Miao, Ben-Ben
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
El análisis de secuenciación del genoma completo revela los mecanismos de evolución de características biológicas típicas de
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Representante típico
Pez pelágico pequeño
Alto valor nutricional
Genoma a nivel de cromosoma
Genes que codifican proteínas
Conservación genética
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
es un representante típico de los peces pelágicos pequeños caracterizado por su rápida tasa de crecimiento, pequeño tamaño corporal y alta fecundidad. Es un pez comercial marino de alta calidad con un alto valor nutricional. Sin embargo, la investigación genética y genómica subyacente no es completa. En este trabajo, se ensambló un genoma de alta calidad a nivel de cromosomas de un macho. La longitud del genoma ensamblado fue de 716.13 Mb con un N50 de contig de 19.70 Mb. Notablemente, anclamos con éxito el 95.73% de las secuencias de contig en 23 cromosomas con una longitud total de 685.54 Mb y un N50 de andamiaje de 30.77 Mb. Se predijeron un total de 22,716 genes codificadores de proteínas, 274.90 Mb de secuencias repetidas y 10,060 ncRNAs, de los cuales 22,037 (97%) genes fueron anotados funcionalmente con éxito. El análisis comparativo del genoma identificó 459 familias de genes únicas, 73 expandidas y 52 contraídas. Además, se identificaron 2804 genes como candidatos a selección positiva, de los cuales algunos relacionados con el crecimiento y desarrollo de huesos, músculos, corazón y ovarios, como algunos miembros de la superfamilia TGF-beta, probablemente estuvieron involucrados en la evolución de características biológicas típicas. El estudio proporciona un genoma de referencia preciso y completo a nivel de cromosomas para la conservación genética, la cría asistida por genómica y la investigación sobre la evolución adaptativa.
Descripción
es un representante típico de los peces pelágicos pequeños caracterizado por su rápida tasa de crecimiento, pequeño tamaño corporal y alta fecundidad. Es un pez comercial marino de alta calidad con un alto valor nutricional. Sin embargo, la investigación genética y genómica subyacente no es completa. En este trabajo, se ensambló un genoma de alta calidad a nivel de cromosomas de un macho. La longitud del genoma ensamblado fue de 716.13 Mb con un N50 de contig de 19.70 Mb. Notablemente, anclamos con éxito el 95.73% de las secuencias de contig en 23 cromosomas con una longitud total de 685.54 Mb y un N50 de andamiaje de 30.77 Mb. Se predijeron un total de 22,716 genes codificadores de proteínas, 274.90 Mb de secuencias repetidas y 10,060 ncRNAs, de los cuales 22,037 (97%) genes fueron anotados funcionalmente con éxito. El análisis comparativo del genoma identificó 459 familias de genes únicas, 73 expandidas y 52 contraídas. Además, se identificaron 2804 genes como candidatos a selección positiva, de los cuales algunos relacionados con el crecimiento y desarrollo de huesos, músculos, corazón y ovarios, como algunos miembros de la superfamilia TGF-beta, probablemente estuvieron involucrados en la evolución de características biológicas típicas. El estudio proporciona un genoma de referencia preciso y completo a nivel de cromosomas para la conservación genética, la cría asistida por genómica y la investigación sobre la evolución adaptativa.