La locha alargada es un pez endémico de China. Estudios previos han proporcionado algunas ideas sobre la composición del genoma mitocondrial y las relaciones filogenéticas de la locha alargada inferidas utilizando genes codificadores de proteínas (PCGs), sin embargo, la información detallada al respecto sigue siendo limitada. Por lo tanto, en este estudio secuenciamos el genoma mitocondrial completo de la locha alargada y analizamos sus características estructurales. Los PCGs y el genoma mitocondrial se utilizaron para el análisis de estrés selectivo y el análisis comparativo genómico. El genoma mitocondrial completo de la locha alargada, junto con los de 35 especies de Cyprinidae, se utilizó para inferir las relaciones filogenéticas de la familia Cobitidae a través de la reconstrucción por máxima verosimilitud (ML). Los resultados mostraron que la secuencia del genoma tiene una longitud total de 16,591 pb, que incluye 13 PCGs, 22 genes de ARN de transferencia (tRNA), 2 genes de ARN ribosómico (rRNA) y 2 regiones no codificantes (CR D-loop y origen de replicación de la subcadena de cadena ligera OL). En general, la locha alargada compartió el mismo arreglo genético y composición de los genes mitocondriales con otros peces teleósteos. Las razones Ka/Ks de todos los PCGs mitocondriales fueron inferiores a 1, lo que indica que todos los PCGs estaban evolucionando bajo selección purificadora. Los análisis de comparación de genomas mostraron una homología de secuencia significativa entre las especies de Leptobotia. Se observó una identidad significativa entre las otras cinco especies de Leptobotia en el resultado de visualización, excepto por , que carecía del gen tRNA-Arg y tenía un gen tRNA-Asp más corto. El árbol filogenético reveló que las especies de Cobitidae examinadas aquí pueden agruparse en dos clados, con la locha alargada formando una relación hermana con . Este estudio podría proporcionar inferencias adicionales para una mejor comprensión de las relaciones filogenéticas entre las especies de Cobitidae.