La selección natural y la domesticación han moldeado las poblaciones modernas de ovejas en una amplia gama de razas fenotípicamente diversas. Entre estas razas, las ovejas lecheras tienen una población más pequeña que las ovejas de carne y las ovejas de lana, y se realiza menos investigación sobre ellas, pero el mecanismo de lactancia en las ovejas lecheras es críticamente importante para mejorar los métodos de producción animal. En este estudio, se generaron secuencias de genoma completo de 10 razas de ovejas, incluyendo 57 ovejas de alto rendimiento lechero y 44 ovejas de bajo rendimiento lechero, para investigar las huellas genéticas de la producción de leche en las ovejas lecheras, y se conservaron 59,864,820 SNPs válidos (Polimorfismos de Nucleótido Único) después del control de calidad para realizar análisis de estructura genética poblacional, análisis de detección de genes y análisis de validación de funciones génicas. Para los análisis de estructura genética poblacional, realizamos PCA (Análisis de Componentes Principales), así como análisis de árbol de vecino-uniendo y análisis de estructura para clasificar diferentes poblaciones de ovejas. Las ovejas utilizadas en nuestro estudio estaban bien distribuidas en diez grupos, con las poblaciones del grupo de alto rendimiento lechero cerca unas de otras y las poblaciones del grupo de bajo rendimiento lechero mostrando clasificaciones similares. Para realizar un análisis de selección de señales exacto, utilizamos tres métodos diferentes para encontrar SNPs y realizar análisis de anotación de genes dentro de las 995 regiones comunes derivadas del índice de fijación (F), la diversidad nucleotídica () y la tasa de heterocigosidad (ZHp). En total, encontramos 553 genes que estaban ubicados en estas regiones. Estos genes participan principalmente en la vía de unión de proteínas y en la vía de interacción con el nucleoplasma, como revelaron los análisis de enriquecimiento de funciones GO y KEGG. Después de los análisis de selección de genes y funciones, encontramos que , , , , , , , y estaban potencialmente relacionados con los rasgos de producción de leche de oveja. Elegimos los genes seleccionados fuertemente, , , , y durante el análisis de selección de señales para realizar un experimento de RT-qPCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa Cuantitativa en Tiempo Real) para validar su relación de nivel de expresión con la producción de leche, y los resultados mostraron que tiene una relación negativa significativa con la producción de leche de oveja, mientras que los otros tres genes no mostraron relaciones positivas o negativas. En este estudio, se descubrió y demostró que el gen candidato contribuye potencialmente a la producción de leche de las ovejas lecheras y se sentó una base para el estudio posterior del mecanismo genético subyacente a los fuertes rasgos de producción de leche de las ovejas.