Análisis de identificación a nivel genómico, perfil de expresión y análisis de empalme alternativo de genes de la familia en pepino ( L.)
Autores: Gao, Rong; Luo, Yanyan; Yun, Fahong; Wu, Xuetong; Wang, Peng; Liao, Weibiao
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
Análisis de identificación a nivel genómico, perfil de expresión y análisis de empalme alternativo de genes de la familia en pepino ( L.)
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Activador de transcripción que se une a la calmodulina
Pepinos
Respuesta al estrés
Genes
Análisis filogenético
Crecimiento y desarrollo
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 24
Citaciones: Sin citaciones
El activador de transcripción que se une a la calmodulina (), como una de las familias más distintivas de factores de transcripción, juega un papel importante en el crecimiento y desarrollo de las plantas y en la respuesta al estrés. Sin embargo, actualmente se desconoce si existe en pepinos y cuál es su función. En este estudio, identificamos por primera vez cuatro genes en el genoma del pepino utilizando un método de búsqueda a nivel genómico. Posteriormente, analizamos sus propiedades físicas y químicas, la estructura génica, los dominios proteicos y las relaciones filogenéticas. Los resultados muestran que la estructura de es similar a la de otras plantas, y un análisis filogenético las divide en tres grupos. El análisis de elementos cis-actuantes muestra que la mayoría contienen una variedad de hormonas y elementos relacionados con el estrés. El análisis de RT-PCR muestra que tienen diferentes niveles de expresión en diferentes tejidos y pueden ser inducidos por IAA, ABA, MeJA, NaCl y PEG. Finalmente, analizamos el patrón de expresión de los alternativos bajo estrés por salinidad y sequía. Los resultados muestran que los niveles de expresión de los diferentes están afectados por el tipo de estrés y la duración del mismo. Estos datos indican que participan en el crecimiento y desarrollo y en la respuesta al estrés en pepinos, un hallazgo que sienta las bases para futuras investigaciones funcionales.
Descripción
El activador de transcripción que se une a la calmodulina (), como una de las familias más distintivas de factores de transcripción, juega un papel importante en el crecimiento y desarrollo de las plantas y en la respuesta al estrés. Sin embargo, actualmente se desconoce si existe en pepinos y cuál es su función. En este estudio, identificamos por primera vez cuatro genes en el genoma del pepino utilizando un método de búsqueda a nivel genómico. Posteriormente, analizamos sus propiedades físicas y químicas, la estructura génica, los dominios proteicos y las relaciones filogenéticas. Los resultados muestran que la estructura de es similar a la de otras plantas, y un análisis filogenético las divide en tres grupos. El análisis de elementos cis-actuantes muestra que la mayoría contienen una variedad de hormonas y elementos relacionados con el estrés. El análisis de RT-PCR muestra que tienen diferentes niveles de expresión en diferentes tejidos y pueden ser inducidos por IAA, ABA, MeJA, NaCl y PEG. Finalmente, analizamos el patrón de expresión de los alternativos bajo estrés por salinidad y sequía. Los resultados muestran que los niveles de expresión de los diferentes están afectados por el tipo de estrés y la duración del mismo. Estos datos indican que participan en el crecimiento y desarrollo y en la respuesta al estrés en pepinos, un hallazgo que sienta las bases para futuras investigaciones funcionales.