El ganado de la estepa roja china (CRS), una raza de ganado compuesta, es bien conocido por su producción de leche, alta tasa de sacrificio, características de la canal y calidad de la carne. Hoy en día, se cría ampliamente en las provincias de Jilin y Hebei y en la región autónoma de Mongolia Interior. Sin embargo, la estructura poblacional y la base genética de las características prominentes del CRS aún son desconocidas. En este estudio, describimos sistemáticamente su estructura poblacional, diversidad genética y firma de selección basada en datos de genotipado de 61 individuos de CRS con el chip GGP Bovine 100 K. Los resultados mostraron que el ganado CRS tenía bajos niveles de endogamia y había formado una característica de estructura genética única. Utilizando dos métodos complementarios (incluyendo la puntuación de haplotipos integral y la razón de verosimilitud compleja), identificamos 1291 y 1285 genes potencialmente seleccionados, respectivamente. Se anotaron 141 genes en común en 106 regiones genómicas superpuestas que cubrían 5.62 Mb, incluyendo , , , , , , y , la mayoría de los cuales estaban enriquecidos en vías relacionadas con el crecimiento y diferenciación muscular, la producción de leche y el metabolismo de lípidos. Este estudio contribuirá a comprender el mecanismo genético detrás de la selección artificial y proporcionará una referencia extensa para la cría posterior.